Comptabilité d’un médecin : obligations et spécificités comptables

Les médecins doivent tenir une comptabilité. Leurs obligations comptables et fiscales dépendent de la forme juridique qu’ils ont choisie pour exercer leur activité. Compta-Facile vous propose une fiche complète sur la comptabilité d’un médecin.

Obligations comptables et fiscales d’un médecin

La comptabilité est obligatoire pour un médecin, professionnel considéré comme un prestataire de services exerçant une profession médicale réglementée. Les obligations comptables et fiscales dépendent de la forme juridique d’exercice : en nom propre ou en société.

Le médecin exerce à titre individuel

Le micro-BNC ou régime déclaratif spécial

Les médecins conventionnés dans le secteur 1 qui perçoivent des honoraires inférieurs à 72 600 euros peuvent opter pour le régime déclaratif spécial permettant de bénéficier de simplifications comptables et fiscales importantes :

Ce régime est assez rarement rencontré en pratique, étant donné la condition imposée en terme d’honoraires. Il n’en demeure pas moins intéressant puisque le médecin exerçant en micro-BNC bénéficie d’un abattement de 34% sur les honoraires perçus avant d’être imposé au barème progressif de l’impôt sur le revenu.

Le régime de la déclaration contrôlée

Ce régime s’applique aux médecins percevant plus de 72 600 euros d’honoraires (et à ceux relevant du régime du micro-BNC qui auraient opté pour le régime de la déclaration contrôlée).

Une option pour la comptabilité « créances-dettes » est toutefois autorisée pour le régime de la déclaration contrôlée. En général, les opérations comptables de fin d’année se soldent par l’établissement d’un état de rapprochement bancaire.

Le médecin exerce en forme sociétaire

Le médecin peut également exercer son activité sous forme de Société d’Exercice Libéral (SEL) seul (SELURL : Société d’Exercice Libéral Unipersonnelle à Responsabilité Limitée) ou avec d’autres confrères ( SELAFA : Société d’Exercice Libéral à Forme Anonyme, SELARL : Société d’Exercice Libéral à Responsabilité Limitée ou encore SELAS : Société d’Exercice Libéral par Actions Simplifiée).

Dans ce cas, les obligations comptables s’avèrent beaucoup plus importantes et sont similaires à celles en vigueur pour les sociétés commerciales que nous avons déjà traitées dans différents articles :

• Comptabilité SASU SAS
• Comptabilité EURL SARL

Nous citerons principalement ici :

• Tenue d’une complète complète (dite « créances-dettes ») en partie double ;
• l’obligation d’établir des comptes annuels (composés d’un bilan, compte de résultat et d’une annexe).

Remarque : à la différence des sociétés commerciales, les SEL de médecins ne sont pas assujetties à la taxe sur la valeur ajoutée mais à la taxe sur les salaires. Les sociétés d’exercice libéral assimilées à des sociétés commerciales (SELAFA, SELAS, SELARL) doivent toutefois déposer des comptes annuels au RCS et pourront éventuellement demander leur non-publication (si les conditions de seuils sont satisfaites).

Recours à un expert-comptable pour un médecin

Les médecins, quelle que soit leur forme d’exercice professionnel (à titre individuel ou en société), peuvent choisir de tenir eux-mêmes leur comptabilité sur le support de leur choix. Dans certains cas, ils ont l’obligation de transmettre leurs déclarations de résultats par voie dématérialisée. Ils peuvent s’équiper d’un logiciel de comptabilité de leur choix, parmi la large gamme proposée sur le marché. Ils peuvent également choisir de confier la comptabilité de leur cabinet à un Expert-Comptable, professionnel inscrit au tableau de l’ordre des Experts-Comptables.

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OBTENIR UN DEVIS

L’étendue de la mission de l’expert-comptable est définie dans un document appelé lettre de mission (dans laquelle sont notamment consignés les honoraires de ce professionnel). Il pourra assurer une mission d’ordre comptable (gestion complète de la comptabilité ou uniquement une mission de révision et d’établissement de la liasse fiscale), fiscal, social (établissement des bulletins de paie, déclaration des charges sociales), juridique (établissement des documents juridiques annuels), etc.

Pour information, notre équipe a consacré un article qui compare chacune des méthodes : tenir sa comptabilité ou la confier à un expert-comptable.

Avantages fiscaux octroyés à certains médecins

Les médecins exerçant leur activité dans une structure soumise à l’impôt sur le revenu ont fortement intérêt à adhérer à une Association de Gestion Agréée (AGA) afin de bénéficier notamment :

• D’une non-majoration de 25% de leurs revenus tirés de cette activité
• D’une réduction du délai de reprise de l’administration fiscale de 3 années à 2 années
• Et de la déduction intégrale du salaire versé à leur conjoint (plafonnement à 17 500 euros dans le cas contraire).

De plus, lorsque les honoraires perçus par le médecin n’excèdent pas 33 100 euros, celui-ci peut bénéficier d’une réduction d’impôt pour frais de comptabilité (plafonnée à 915 euros par an).

La loi de finance 2015 a supprimé la réduction du délai de reprise de l’administration fiscale pour les adhérents d’une AGA. La limitation de la déduction de l’intégralité du salaire du conjoint pour les non-adhérents à une AGA a été supprimée par la loi de finances pour 2019, pour les exercices clos à compter de 2018.

Conclusion : Les médecins ont des obligations comptables qui diffèrent selon le mode d’exercice qu’ils ont choisi (en nom propre ou en société). Le recours à un Expert-comptable est facultatif mais il reste fortement recommandé.

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Ecrit par
Thibaut Clermont

Thibaut CLERMONT, mémorialiste en expertise-comptable et fondateur de Compta-Facile, site d'information sur la comptabilité.